“Por lo que sé, el Font Agent Pro es muy atadoso con las fuentes eliminadas porque guarda el catálogo en una base de datos propia de la app.” <— eso se puede configurar en las preferencias del programa para que no lo haga, pero es bueno que el programa lo haga ya que si no lo hace y tu tipografia se daña, no tendras un respaldo. Y Font explorer tambien tiene esa opcion de hacer un respaldo de toda tipografia que uno le cargue al admministrador.

Eso de conflictos al iniciar sistema es basicamente por las tipicas helvetica que usa el sistema para desplegar interfases y tu al activar las de tu catalogo tipografico, sea cual sea, chocan,, desactiva las helveticas que te lloriquee el sistema, pero desactiva las que tu agregaste.

Una de las tantas ventajas de en este mismo momento toy usando es la opcion WYSIWYG "What you see is what you get" para previsualizar rapidamente tipografias. Basicamente hacen lo mismo pero en lo personal he tenido menos problemas con Indesign+MathType+Fontagentpro.
Pd: Vengo haciendo textos tecnicos con formulas matematicas hace bastantes años y más de un dolor de cabeza me dio LynotypeFontexplorer, pero definitivamente es mi segunda opción, tercera Extensis y nunca el catalogo tipografico nativo de MacOsX

Saludos y éxito

Por lo que sé, el Font Agent Pro es muy atadoso con las fuentes eliminadas porque guarda el catálogo en una base de datos propia de la app.

La única solución que conozco es eliminar la db “Usuarios/user/librería/FontAgent Pro/FontAgent.db3″ junto con la carpeta de previsualización “FontImages”

Espero que esto te solucione el problema. De igual forma, te recomiendo FontExplorer X ya que no me ha generado problemas de este tipo.

Saludos.